Como documentar sua análise R perfeitamente com R Markdown

Como Documentar Sua Analise R Perfeitamente Com R Markdown



Com o versátil formato R Markdown, você pode incluir facilmente o texto, o código R executável e seus resultados em um único arquivo. Vários formatos de saída estáticos e dinâmicos, como PDF (.pdf), Word (.docx) e HTML (.html), podem ser facilmente transformados a partir desses arquivos. Um arquivo R Markdown bem escrito tem a vantagem de ser reproduzível. Isso também implica que você pode reconstruir o artigo sem alterar o arquivo real se encontrar um problema na transcrição de dados ou se tiver a capacidade de adicionar novas informações à pesquisa. Como o RStudio já possui o pacote R markdown integrado, nenhuma etapa prévia é necessária para sua instalação.

Código de teste

Antes de iniciar o R ​​Markdown, certifique-se de ter o R ​​montado em seu sistema. Junto com isso, o RStudio deve ser lançado neste momento. Primeiro, criamos um script para o conjunto de dados que usamos no arquivo R Markdown.

Importamos a biblioteca “datasets” de R dentro da área do código-fonte. Os conjuntos de dados integrados podem ser obtidos usando esta biblioteca. Assim, o conjunto de dados denominado “AirPassengers” é obtido usando a função “data” e resumido usando a função “summary”.







No final, a função plot() é aplicada a este conjunto de dados para obter uma visualização gráfica do conjunto de dados específico. Após executar este código, obtemos o resumo deste conjunto de dados que é exibido no console.



biblioteca ( conjuntos de dados )

dados ( 'Passageiros Aéreos' )

resumo ( Passageiros Aéreos )

trama ( Passageiros Aéreos )



No painel direito do RStudio, você também pode ver o gráfico do conjunto de dados AirPassengers aparecendo. Agora, usamos esse código em nosso documento R Markdown.





Introdução ao R MarkDown no RStudio

Para iniciar um arquivo R Markdown, você deve usar o menu “Arquivo” na janela superior esquerda do RStudio. Toque nele e expanda a opção “Novo Arquivo” disponível. Na opção “Novo arquivo”, você pode encontrar a opção “R Markdown” listada. Toque nele para criar um.



Uma nova janela “Novo R Markdown” aparecerá na tela do RStudio. Como queremos criar um documento R Markdown, temos que selecionar “Documento” no painel esquerdo. Agora você pode nomear seu documento usando o campo “Título”; nós o chamamos de “Teste”.

Além disso, você pode fornecer seu nome como autor deste documento, ou seja, “John”. No último campo, você deve fornecer a data em que criou o documento R Markdown. Você também pode usar a caixa de seleção para exibir a data de um documento sempre que atualizá-lo.

Agora, você deve selecionar o formato de saída padrão do seu arquivo, ou seja, html, pdf ou Word. No nosso caso, selecionamos “HTML” como formato de saída padrão para o arquivo. Toque no botão “OK” para continuar criando um arquivo R Markdown de amostra. Você também pode usar o botão “Criar documento vazio” para criar um arquivo Markdown vazio.

Mude para o modo visual para edição

O arquivo R Markdown de amostra é aberto na área RStudio Source. Agora, você pode editar este arquivo Markdown de amostra de acordo com suas necessidades. Este arquivo de amostra Markdown está dividido em três partes. A parte que começa e termina com “—” é chamada de “Cabeçalho” do arquivo Markdown. Inclui as informações que você forneceu ao começar a criar um arquivo markdown de amostra, ou seja, título, autor, data e formato de saída.

A parte “## R Markdown”, incluindo as linhas de texto, é o bloco de “texto” deste arquivo markdown. Você também pode atualizá-lo e colocar seu texto nele. O “## R Markdown” é um título que também pode ser atualizado. A próxima parte começando com três símbolos ““`” denota a parte “Code Chunk” que é específica para adicionar os trechos de código. A parte de codificação também pode vir acompanhada da parte de “plots” que é específica para geração de gráficos através de códigos.

Mudamos para o modo “Visual” do arquivo R Markdown usando o botão “Visual” da barra de tarefas da janela aberta do RStudio. A janela recém-aberta fornece algumas instruções sobre como mover-se no modo Visual. Toque no botão “Usar modo visual” para abrir o modo visual.

Edite o arquivo de amostra

Agora, o modo “Visual” de edição do arquivo de amostra R Markdown é iniciado. Você pode formatar, inserir e editar o arquivo inteiro usando os menus fornecidos na barra de tarefas. Por exemplo, não atualizamos a parte do Cabeçalho, mas substituímos os títulos do Cabeçalho pelos blocos “Texto” e “Plotagens”. Substitua o texto de amostra por um novo texto e forneça um novo código na área de código. Também atualizamos o bloco “Plot” deste arquivo lateralmente.

Salve o arquivo

Agora, use o botão “Knit” que está disponível na barra de tarefas do RStudio para gerar um documento.

Agora, o RStudio irá perguntar a localização e o nome de um novo arquivo Markdown que você irá salvar. O tipo de arquivo R Markdown é “.Rmd” por padrão. Nós o chamamos de “teste” conforme a imagem a seguir e salvamos na unidade “D” através do botão “Salvar”:

Depois de salvar o arquivo R Markdown recém-gerado, o RStudio pode se envolver em um pequeno processamento para exibir o documento. Antes disso, pode ser solicitado que você inicie uma nova sessão abrindo a janela a seguir. Toque em “Iniciar nova sessão” para prosseguir:

Revise o documento Markdown

Depois de um tempo, o RStudio inicia sua nova sessão junto com a abertura do documento R Markdown recém-criado em uma janela separada por meio do RStudio. O arquivo contém seu bloco “Cabeçalho” com o título do arquivo como “Teste” seguido do nome do autor e da data de criação. O bloco de código e gráfico mostra 100 por cento da mesma saída exibida na saída do código “Teste”.

Conclusão

Este guia fornece a melhor demonstração do uso da linguagem R para criar um documento por meio do R Markdown. Começando com a configuração do documento, explicamos como editar, salvar e abrir o arquivo R Markdown recém-gerado e dar uma olhada em seu bloco de cabeçalho, bloco de texto, bloco de trecho de código e bloco de plotagem.